داستان این فیلم در مورد دو دوست است که در یک روز تعطیل تابستانی برای بازی به مجتمعی مسکونی در حال تخریب می روند. آن ها قبلتر در آن مجتمع زندگی می کرده اند و خاطرات کودکیشان را در گوشه و کنار مجتمع به یاد دارند. اما در حین بازی,درگیر یک پدیده مرموز می شوند و بیهوش می شوند. هنگامی که چشم باز می کنند مجتمع را در وسط یک اقیانوس,شناور می بینند.

انیمیشن بزرگراه پنگوئن راجع به دانش آموز کلاس چهارمی به نام آیواما کان است که درباره علت مرموزی که پشت ماجرای ظهور ناگهانی پنگوئن ها در دهکده تحقیق می کند که به نوعی دلیلش قدرت دختری استکه در کلینیک دندانپزشکی کار می کند. او در این مسیر با چالش های جذابی رو به رو می شود.